第二徐阶就向朱载坖上疏请求致仕，徐阶将这次广西韦银豹的叛乱全部归咎于自己，认为是辅臣不职导致韦银豹作乱，尤其是韦银豹家族从弘治、正德年间就开始造反作乱了，韦银豹更是从嘉靖初年就开始造反作乱了，自己作为老臣，本应该有所警惕的，但是徐阶没有及时提醒朱载坖。
所以这次徐阶认为韦银豹作乱，罪责主要在自己这个首辅身上，所以徐阶向朱载坖请辞。
朱载坖收到了徐阶的奏疏之后，召见了其余的阁臣，询问道：“徐阁老上疏求去，你们怎么看呢？”
阁臣们都认为应当同意徐阶的离任，这样的话，至少现在反对派们就无法拿广西的事情对朝廷发难了，朝廷 已经因为此事罢免了首辅，你们还有什么话嘛。
当然该走的程序还是要走，朱载坖以事非卿之过错为由，拒绝徐阶的请辞。
徐阶第二次上疏请辞，朱载坖仍旧不允徐阶的请辞，但是加徐阶特进荣禄大夫，给徐阶加官，这就意味着徐阶这个首辅已经是当不长久了。
徐阶一面拒绝了朱载坖的慰留和升官，一面再次请辞，朱载坖只得在徐阶的请辞奏疏上御批道：卿元辅重臣，岂可遽离，朕虽不允，然卿再三上疏。朕不能强卿之意，故加官致仕，以全君臣之道也！
朱载坖亲自为徐阶题词，两朝元辅，同时加徐阶太傅兼太子太师、左柱国、特进荣禄大夫，赐驰驿，遣锦衣校尉送送回乡，荫徐阶两孙国子监生。
同时在徐阶离京之前，朱载坖还特意召见了这位离任的老首辅，徐阶离任之后，一直是在收拾东西准备回到松江老家，徐阶家中豪富，尽管退了田之后，徐家仍然还有二万余亩田产，这些可都是虚假的私产，而且徐家做官的人这么多，不管是正途出身还是荫官，都是可以免税的，这两万余亩田产基本上不用交税，徐家依然是松江的豪门。
朱载坖笑着问道：“元辅回乡之后，准备干些什么呢？”
徐阶笑着道：“臣自然是回到家乡，教导子弟读书。”
朱载坖道：“阁老元辅重臣，又是探花出身，当然能够为朝廷培养几个英才的，只是朕还有一事，敢请阁老助朕。”
朱载坖希望徐阶回到松江之后，振兴松江的棉纺织业，现在的松江府是大明的纺织业中心，但是松江府的纺织还是以家庭为单位的，朱载坖希望徐阶回到松江府去了之后，兴办手工工场，振兴实业。
徐阶有些忧虑的道：“陛下，这所谓工场，工人脱离土地，一旦卖不出去布匹，织工就不得食，倘若出了这等事情，立马就会出现大量的流民，苏松朝廷财赋之所重，一旦出了乱子，就是震动朝野的大事啊。”
朱载坖道：“无妨的，徐家出产的布匹，朕以内帑收储，断不会出现这种事情的。”
毕竟现在倭国急需大明的布匹、瓷器、茶叶等物，朱载坖也需要倭国的白银和铜料，所以朱载坖希望徐阶挑头去做此事，毕竟徐家是松江豪门，由徐家出面做此事是最好不过了，朱载坖代表皇室和徐家合作，也算是朱载坖补偿了一下徐阶。
徐阶答应下来之后，就回到内阁收拾东西准备回到松江老家了。
朱载坖随即下令升李春芳为中极殿大学士，高拱为建极殿大学士，明确了李春芳为首辅，高拱为次辅，阁员仍旧是郭朴、张居正、陈以勤。
同时徐阶走了之后，朱载坖才是真的开始大展拳脚了，徐阶在的时候，一直对于科道比较袒护，即便是朱载坖多次要求要整顿科道，但是徐阶都以科道乃是朝廷之耳目，畅通言路为由要朱载坖对科道加以包容，现在徐阶走了，朱载坖第一个就是要整顿科道了。
朱载坖命令次辅高拱分管吏部和都察院，负责整顿科道，高拱一上任，就与吏部尚书杨博一道整肃科道。高拱向朱载坖上了挽颓习以崇圣治疏，详细阐述了自己的主张。
高拱认为，现在的大明，实际情况是：方今时势，内则吏治之不修，外则诸边之不靖，以兵则不强，而以财则不充，此下之患也。
高拱认为现在的朝廷主要有八弊，分别是曲解法律，任意轻重；卖官鬻爵，败坏名节；刻薄寡恩，刁难民众；争 功嫁祸，彼此排挤；推诿扯皮，功罪同途；文武不协，党同伐异；因循塞责，苟应故事；浮言丛杂，混淆是非。
这八弊不除，大明难以中兴。朱载坖当即在高拱的奏疏上御批道：“卿所言甚是，宜尽纾其才，以求大治，朕与卿等勠力同心也！”
朱载坖将高拱的奏疏明发六部，也鲜明的表达的自己对于新政和高拱的支持，随后内阁首辅李春芳也向朱载坖上疏，他将大明现在的问题总结为三个方面，第一是坏法，第二是黩货，第三是浮言。
李春芳认为三害之中，最为根本的就是浮言，所谓浮言，就是虚浮轻躁，急功近利；华而不实，言行悖离；哗众取宠，众议纷纭；各是其是，各非其非；甲可乙否，莫衷一是；谗言肆出，蜚语流传。更有甚者，这些官棍官痞久已沉浮于官海，随时变色改态，不但无益于国事，反而误导舆论，荼毒苍生，已成为下之害。
李春芳请求朱载坖大振乾纲，整顿浮言，使官风得以回归淳朴，首先就是要整顿科道言官。
朱载坖深以为然，这些科道言官，风闻言事，充当他人喉舌，妄言朝廷大政，搬弄是非，现在徐阶离任了，朱载坖当然要给科道上上强度了。
朱载坖随即下诏，认为整顿官风，首在言路，科道为朝廷纲纪之所在，不可不重，着建极殿大学士高拱会同左都御史葛守礼、右都御史李开先、吏部尚书杨博，考察科道，选拔可用之才，使科道重归朝廷耳目的作用。
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