对于这些弊端，朱载坖当然要在有限的时间内尽可能的予以纠正，对于八股的问题，朱载坖召集内阁辅臣和翰林院、礼部、学部等相关重臣们商量对于科举制度的改革措施，之前朱载坖已经对于科举制度予以部分的改革，主要就是降低八股在科举中的重要性，增加策论在科举中的重要性。
但是在实际的操作中，也发现了策论取士的一些缺点，虽然看似策论比之八股要实用一些，但是实际上策论更加主观，而且策论很多时候是论而不用，考生只不过是发表意见，很难提出什么具备实用的建议，所以很多人认为所谓的策论的实用性还不如八股，但是现在八股也越来越僵化的。
这点确实是非常之重要的，朱载坖召集这些重臣们商量此事，王世贞作为当代文坛盟主，对于现在朝廷的科举予以了猛烈的抨击，王世贞认为现在朝廷在科举当中，由于截搭题横行，导致文章经义、逻辑全无，考生只能在文字上下功夫，失去了朝廷以八股考察士子的本意。
对于这个问题，其实重臣们也是很清楚的，截搭题的流行主要是为了应对现在考生的押题之风，由于八股试题出自四书，应试者必须按四书五经的代圣贤立言，依格式填写，一些人为捷取功名，大搞拟题剿袭，连《四书》、本经都不读，只读坊刻的讲章及程文墨卷以揣度考官衡文的标准与喜好，不求文章高下，只求文章中试官。所以朝廷之所以对于截搭题予以默许，主要就是为了打击这种押题的办法。
但是王世贞对于这种行为显然是嗤之以鼻的，八股文之所以能够选拔人才，就是依靠他严密的逻辑性，而截搭题自己都毫无逻辑可言，怎么可能期待这些士子们写出有逻辑的文章来，所以截搭题绝不可取，朱载坖当然明白这其中的关窍，主要原因就是八股出题的范围太，而经过多年的考试，能够出的考题已经被出的差不多的，所以这些考生能够依靠大量背诵程文来应付考试，这点才是八股僵化的重要原因。
关键的问题就是打破藩篱，使得八股的命题范围扩大，这样才是打击程文的最重要的办法，而不是用截搭题，朱载坖认为截搭题必须予以禁止，这种东西会直接导致八股的彻底僵化，失去其选拔人才的作用，朱载坖认为现在最大的问题就是这些士子埋头程文，只求功名，不管经史，导致选拔上来的官吏缺乏政治能力，这点才是极为重要的。
所以八股现在最大的问题就是扩充出题范围，朱载坖给出的办法是将经史结合在一起，不仅仅要以四书五经作为试题，同时还要结合正史，扩大科举的参考书目，用以对抗现在的所谓程文，朱载坖的办法是将《史记》《汉书》《后汉书》《三国志》《晋书》《宋书》《南齐书》《梁书》《陈书》《魏书》《北齐书》《周书》《隋书》《南史》《北史》《旧唐书》《新唐书》《旧五代史》《新五代史》《宋史》《辽史》《金史》《元史》和《资治通鉴》这二十四本史书和大明会典、国史等都纳入科举的范围之内，增加科举的参考书目。
而在出题的时候，虽然试题仍旧是从四书五经中出，但是考官不仅仅要给出题目，同时也要给出材料，将相关史料予以列出，要求考生按照四书五经和给定的材料作文，虽然四书五经可以用程文来对付，但是面对浩如烟海的史料，朱载坖不相信谁还能够用程文来对付，除非他真的是疯了。
这样做的好处是加强实用能力，同时将经史结合起来，考生不仅仅要熟悉经义，同时还要考察考生对于史书、典章制度等的了解的情况，这样以来，使得朝廷所选拔的人才不再是指挥背诵程文的酸秀才，而是要真正选拔能够为国所用，精通经史，又能够处理实际政务的人才，科举尤其是进士科，是朝廷的抡才大典，朱载坖一向是非常之重视的，涉及到科举的事情，朱载坖都是要亲自过问的。
之所以仍旧保留八股的格式，是因为八股虽然有各种不好，但是其中有一个优点是朱载坖不得不认同的，就是八股便于阅卷，对行文格式严格规范，也使考生能够简洁有效地完成试题。同时有利于考官阅卷，促进公正阅卷。八股文作为较为标准化的考试文体，作文试卷都有一定的标准格式，不同的阅卷者对同一篇八股文的评价会基本相同，即“文有定评”。这点也是很重要的，所以朱载坖在没有找到更加客观的考试办法之前，仍旧还是要使用八股。
对于朱载坖的这个想法，王世贞表达了支持，他就认为这样办法很好，能够打击现在的程文，使得科举能够为朝廷选拔到有真才实学的人才，但是申时行等龋心增加的书目过多，会使得考试难度过大，不过朱载坖认为进士科本来就是宁缺毋滥的，增加考试难度也是应该的。
同时对于乡试和会试的考试制度也要进行改革，原本乡试和会试有三场，会试第一场试四书义三道，经义四道;第二场试论一道，判语五条，诏、诰、表内选答一道;第三场试经史策五道。而乡试八月初九为第一场，试以《论语》一文、《中庸》一文或《大学》一文、《孟子》一文，五言八韵诗一首，经义四首，初场的3道四书题每道都要写200字以上，4道经义题则需要写300字以上。第二场，试以五经一道，并试诏、泞表、诰一道，议论文要求300字以上。第三场，试以5道时务策即结合经学理论对当时的时事政务发表议论或者见解。
朱载坖认为应当将乡试和会试的科目予以统一，同时要更加客观才校
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