朱载坖之前其实已经在各镇和提督下面建立各种专门官署和参谋机构了，但是这些参谋机构在军镇内部并不受重视，因为大明现在的军事制度仍旧是大将负责制，不管是总兵、提督还是分守参将、协守副将，都是在本防区的最高军政长官，同时督抚也在战事上拥有极大的权力，而即便是参谋等业务他们往往也是依靠自己的参随来做，这就使得朝廷在边镇所设立的这些参谋机构很难发挥作用。
而且朱载坖对于大明的北部边防，并不满意，从正统以后的北部边防，将东起鸭绿江，西迄嘉峪关的万里长城作为主要防线。这道防线是依托长城线为骨干，结合其内外星罗棋布的卫、所，形成了一条连续而紧密的防御体系，为林御蒙古人，历代先帝就大修边墙，把边墙作为抵御蒙古饶一大利器。
朱载坖认为，边墙确实可以起到抵御蒙古饶作用，朝廷在九边守备地区中，关堡相连，烽燧相望，边寨墩台林立，构成大纵深，多道重层，设防周密。结合筑垒，需部署恰当，重视机动兵力，这样才能够发挥边墙的作用，实现攻守兼备，而在实际的边防之中，不能守边御患的关键在于一方面不能实施重点守备，而是分兵把口，不能集中兵力和保持足够的力量，这是分兵设防的缺陷;而另一方面关键在于卫所之间的配合，即一方有难，另一方是否可以利用地形、关隘等前来支援。
而大明这种画地自守的办法，官军各部根本没有主动支援友军的想法，而在之前朝廷的边防政策中，除增设巡抚、副总兵、参将、协守、游击等将官以增强各边的防御能力和实力外，在防御体制上也进行流整，即在各边内部进行分区防守。每镇的分路越来越多，分守参将也越来越多，朝廷原本的想法是通过广设分守参将，弥补了以九边为单位这种大区域防守的弊端，加强了区域内部更加具体的目标责任防卫，取得更加积极的防卫效果。
但是实际上分守区的数量多就意味着兵力的分散及全线设防没有重点。官军的兵力大多配置在一线，朝廷希望是官军各部画地自守，然后抱团取暖深沟高垒坚守不出。现在的分区防守恰好就给了外敌各个击破的可乘之机。官军的机动兵力不足，大部分的兵力都投入到一线当中，同时设防也不能做到轻重有别。
而画地自守最麻烦的事情是什么，就是各级将领们所想的就是怎么保住自己的防区，这对于他们来是是最要的，所以他们没有动力也不敢去轻易驰援各部，而沿边一线的边堡只能等到总兵的机兵和游击的游兵驰援，而信息的往返传递等事情，都是需要时间的，而且在这种传递的过程中，战机就已经消失了。
同时为了对于九边各处设防，朝廷不得不在北部边防维持庞大的军队，以防备北虏，不仅仅为朝廷造成了沉重的负担，而且占用官军宝贵的员额，朝廷现在养兵的成本是不低的，在北边屯驻重兵，就会降低朝廷控制其他地方的能力，尤其是对于南方的弹压能力，这点是朱载坖极为担忧的，朱载坖虽然经过两次大规模的清军，核实军籍，同时在实现俺答封贡之后也裁减了九边的军额，但是现在九边驻军仍旧达四十余万，规模十分之庞大，日后将西域收复之后，为了驻守西域，肯定也是要屯驻重兵的，在就会使得官军的员额进一步扩张，这点对于朝廷来绝非好事，军额扩充太快，对于朝廷的财政负担太重。
所以朱载坖准备更定九边指挥体制，进一步压缩军额，提高官军的战斗力，首先仍旧是加重总兵官的权力，这次朱载坖主要是对于总兵对于治下的参将、游击等将领的管理权，朱载坖明确发布诏令：“军令贵严，严则官军知畏而易成功，否则官军怠玩而多致败绩。昔胤侯誓师，必曰：威克厥爱，允济爱克，厥威允罔，功行军贵。自古尚之。人君命将，必曰：阃以内寡人治之，阃以外将军制之。盖其官军临阵有不用命而退缩者，径自诛之，以肃人心。且万人之命，系于一将，若非重以此权，谁肯舍死赴担近年以来，朝廷命将制敕，所开止曰军法从事，所以为将者，多避嫌疑，军士虽有退缩，未敢轻诛一人，以致军令不严，往往失机，虽罪坐主将，无益于事。自诏书到日，若官军有不用命退缩者，就阵斩之以徇，妄生讹言、蛊惑人心，情罪至重者，会同审实，亦就斩之。麾下分守、游击等官，有不从命者，以军法治之！”
朱载坖首先加重总兵官的权力，尤其是对于治下参将等的军官的管理权，同时要求按照沿边的实际情况，重新划定分守辖区，同时裁减合并一批分守参将，朱载坖认为分守参将是朝廷配置在边防要地进行专守防卫，加强防御的专官，要有区别的进行设防，要有防御重心，这是最关键的事情。
除此之外，就是对于总兵衙署的指挥体系的建设，原本总兵只是差遣，所以并无衙署，也没有相关的下属，朱载坖之前已经在镇下配置参谋军务、后勤等司，作为总兵衙署的常设机构，协助总兵官管理一镇防务，用来取代这些参随，朱载坖认为要加重这些机构的权力，实现参谋体制的建立。
朱载坖命令取消协守副将，同时以副将专管参谋军务和清军督练等各司，同时将这些机构实施双重管理，即直接接受军机处的监察，同时为总兵官提供幕僚业务，建立从朝廷到各镇以至于各分守区的参谋机关，加强朝廷对于九边的直接控制，在分守参将下已经有参谋处等机构，既受总兵衙门各机关的直接领导，又向参将提供参谋业务。
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