所以庞尚鹏认为，此事一定要慎重处置，因为一旦处置不慎的话，就容易引发民变的，这是必须要慎重的。庞尚鹏的话也得到了首辅申时行的赞同，申时行认为现在朝廷处置这些事情，一定要慎之又慎，不能够轻举妄动，这点也得到了很多闽粤籍官员们的支持。
对于闽粤的宗族势力，确实是一个极为难解的问题，以潮汕为例，位于两广丘陵的潮汕，多山坡低谷，人均耕地只有不到3亩，还不及全国平均水平的一半。土地就成为了潮汕最重要的资源，紧缺的耕地自然引起鹬蚌相争，潮汕的富商大贾勾结官府与民争利，囤积田地高价出租，以致大量底层民众无地可耕，无粮可食。于是，潮汕人打响了以土地为核心的争夺战，宗族在其中发挥了巨大的作用。
一方面，宗族为土地纠纷提供流解的场所。不管是自家的牛被强占，还是地被强占，亦或是牛和地一起被强占，当事人都能“由亲友耆老和解”。如不成则“诉诸各房分祠”，交由族中德高望重之人处置，再不成还能求助于叠绳堂——宗族间长老联合会议。
另一方面，当土地矛盾激化，言语调和不得时，宗族变身武力取胜的坚实后盾。宗族为争地械斗出人出钱，做好械斗的动员和后勤。刑部的案卷就显示，惠、潮等地械斗频发，死伤累累，一次争地械斗中死去40多人，都不是什么罕见的事情。而在其后，都是地方的宗族来善后的，他们抚恤遗属，收殓尸骸，同时在祠堂中加以祭祀，并在其名字后加上简单的事迹介绍，比如“ 御敌为父卒贼”、“扞寨武勇奋举”、以及“守寨杀贼，以戕其躯”等。
所以对于宗族问题，处理必须要慎之又慎，朝廷以及地方官府，和宗族之间的关系并不是完全对立的，宗族也可以帮助官府稳定地方，所以对于宗族的处理，要掌握好分寸，太子在听取了各方面的意见之后，将这些意见上陈朱载坖，请求圣裁。
朱载坖看了国务会议的会议纪要之后问道：“太子怎么看此事？”
朱翊釴道：“父皇，儿臣因为，大司农和元辅所言还是有些道理的，然此事还是宜速不宜慢。”
朱载坖于是问道：“那太子你的看法。”
太子于是向朱载坖陈述了自己的看法，闽粤地区确实存在着强大的宗族势力，但是宗族势力并不是为了对抗朝廷而生的，很多时候只不过是为了生存罢了，这点也得到了朱载坖的认同，朱载坖和很多闽粤籍的官员看法不同，朱载坖认为宗族势力越大，人口越多，他们反叛朝廷的可能性就会降低，毕竟他们自己是很清楚的，他们和朝廷之间的力量过于悬殊。
但是这并不意味着朝廷就会和这些宗族势力相安无事，他们不敢公然反叛朝廷和他们不会破坏朝廷的统治是两码事情，朱载坖认为宗族势力的扩大是会影响到朝廷的行政和利益的，因为在宗族势力的膨胀之后，他们想要做的无非就是两件事情，第一就是培养自己的政治势力，也就是通过科举将自己家族的子弟送入仕途。
第二就是加强自己在本地对于资源的控制能力，通俗的，就是当土皇帝，虽然他们反叛的可能性不高，但是他们想要割据的想法是一直存在的，甚至是随着他们的宗族势力的做大，割据的想法是会越来越强的，他们和朝廷在这点上是尖锐冲突的，朝廷要收取赋税，控制地方，而他们也希望能够垄断地方的各种资源。
当然他们并不是武装割据，更多的是希望通过充当官府和百姓之间的联系人，看似是帮朝廷办事，比如帮朝廷征收赋税等事，其实是充当中间商赚差价，以此扩充自己的力量，同时利用官府打击其他宗族，这种也是一种割据，而且一旦朝廷显现出疲态，他们立马就会从朝廷的顺民切换到武装割据的状态的。
因为这些宗族不光控制了土地等资源，更加重要的是对饶控制，在闽粤等地，具有宗族成员身的人与没有宗族成员身份的人在社会上处于不平等的地位，在资源的控制上也有不平等的权利。
那些不属于被承认具有正统性的宗族的社会成员占有土地的企图，总是会遇到宗族势力的压制，甚至得不到国家的支持，因为如果在政府的户籍系统中没有户籍，即使买了土地，也没有使自己的土地占有权合法化的资格。所以，没有按照士大夫的文化规范组织起来的宗族背景，是很难获得土地的法占有权的，除非能够通过一定的社会和文化手段为自己创造出个宗族的背景。
朱载坖将石昆玉和袁可立的奏疏拿出来给太子看，朝廷上的重臣们有自己的看法，他们往往谋划周全，善于统筹全局，但是地方的实际情况也是皇帝要必须掌握的，皇帝必须在朝廷和地方之间兼顾，朝廷大政方针和地方的实际情况，都必须要做到心中有数才校
太子仔细看了石昆玉和袁可立的奏疏，当然明白了朱载坖的意思，朱载坖的想法就是以整顿吏治作为抓手，通过整顿吏治建立起朝廷在闽粤等地的威信，展示朝廷的存在，同时也为下一步应对这些宗族势力做准备，对于这些宗族势力，不可一概而论，也不能片面采取措施，既然防范他们对于朝廷的统治构成威胁，同时也要利用这种紧密的宗族关系，为朝廷所用。
同时申时行的镇之以静也并非完全不可取，对于闽粤等地，一方面要整顿吏治，严厉打击走私、海盗等事情，另一方面也要对于地方加以安抚，同时疏解百姓，改善民生，这些事情对于朝廷来都是极为重要的事情，朱载坖这次将此事都交给了太子，命令他统帅内阁、部院，拿出一个完善的方案来。
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