对于李如松的这个看法，陈于陛问道：“现在军情瞬息万变，参谋军务总署就此料定，恐有未便吧？”
陈于陛的看法也是很多在场重臣们的想法，毕竟现在文书往来都是需要时间的，即便是最快的六百里加急，最快也需要二十五才能够将相关情报送到京师，参谋军务总署实际上是在一句过时的信息作出判断，这点在战争中是极为要命的，李如松也不否认此事。
为此参谋军务总署制定了一系列的方案，对于各种可能的情况都做了相应的判断，但是参谋军务总署的总方针是很确定的，就是在交河取守势，控制交河附近的水源和交河与轮台的交通线，等到戚金所统帅的官军驰援即可。
朱载坖很清楚，以现在官军的信息传递能力，参谋军务总署是无法作出及时指挥了，所以在组建参谋军务总署时，朱载坖将将参谋军务总署的指挥权限制在了战役组织上，具体的战术实施由各提督、总兵来完成，朱载坖问道：“现在驻守交河的是何人？”
李如松赶紧回复朱载坖道：“吴兑以令征西副将军、潞国公马栋镇守交河。”
马栋是马芳长子，多年跟随马芳作战，也算是大明的宿将，虽然不算什么特别出彩的将领，但是胜在老成可靠，经验丰富，所以吴兑才将镇守交河这一重任交给马栋，朱载坖伸手，从李成梁手中取过指挥棒，在舆图上指着交河和轮台，对重臣们道：“军机处以急递命令吴兑、马栋，吴兑专守轮台至交河道路，马栋专守交河，若叶尔羌越过交河，则朕斩吴兑，若交河有失，朕斩马栋，参谋军务总署将相关情况随急递送马栋、吴兑处。”
李如松接下就向在场的重臣们陈述了参谋军务总署对于战局的预判，其实参谋军务总署就是基于一个变量进行预判的，就是交河是否在朝廷手中，如果交河在大明朝廷手中，那戚金应在在击败叶尔羌汗国之后，就应该兵分两路，一路继续西进，取库尔勒等地，随后进逼喀什，一路直接南下，取若羌、且末，直取和田，两路官军会师于喀什。
若交河失守，则应该夺回交河，然后一路西进，进占巴音布鲁克草原，就粮于敌，然后继续向西，从叶尔羌汗国领土上获取粮食，在场的重臣们都很清楚，所谓就粮于敌视什么意思，但是他们都都清楚，现在大军已经出发，开弓没有回头箭，朝廷必须打下去，赢了自然是皆大欢喜，要是出了什么差错，恐怕就麻烦了。
除此之外李如松还提出了一些预备方案，朝廷要继续加大口粮的生产，尽快转越军前，同时命令李成梁迅速扫荡伊犁河谷的准噶尔部落，然后挥兵南下，取道昭苏，进兵温宿，阿克苏，威胁喀什以北，给叶尔羌汗国增加压力，迫使其抽调兵力在北方，减轻交河的压力。
朱载坖同意了参谋军务总署的意见，命令立即以急递的形式向所涉及的官军各部下达指令，要求官军各部按照参谋军务总署的指挥行动，各总兵提督要达成参谋军务总署所指定的目标，朱载坖还给戚金、董一元部以密旨，要求他们在保证安全的情况下提高速度，尽快驰援交河。
这是参谋军务总署第一次筹划这么大规模的战事，朱载坖在内阁辅臣们走后和军机大臣们总结了参谋军务总署在筹划战事上的得失，朱载坖认为参谋军务总署最大的问题就是无法区分战术和战役，由于大明现在的领土广大，通信无法及时，参谋军务总署也很难及时得知战场情况，所以朱载坖都一开始就将战术指挥权下放给了各总兵、提督们，参谋军务总署要做的就是战役筹划。
但是在实际的筹划中，参谋军务总署还是不可避免的倾向于战术，朱载坖认为这是越权，战役是根据战略需要，在一定区域和时间内所进行的一系列战斗的总和。战役是战争的一个局部，直接服务和受制于战争全局 ，不同程度地影响战争全局。它直接运用战斗，也为战斗的成败所直接影响。
具体的战斗和战术指挥，是前线大将们的事情，参谋军务总署是战役指挥机关，要进行的是战役层级的筹划，进行战役筹划，要全面分析战役中各种相关的作战要素，充分估计到作战进程中可能出现的各种复杂、困难情况，着眼战略全局，对战役全过程进行通盘构想，形成基本作战方案。
进行战役准备，要立足应对最复杂、最困难的情况，充分估计敌方的作战实力、准备程度，集中使用主要作战力量，确保有取胜的把握。调集战役力量，编组完成任务所需的精锐军团，并将主要力量使用于战役的主要方向、关键时节，尤其是关键性作战，重点打击敌要害目标。
这是参谋军务总署的职责，至于具体的战术实施，不是参谋军务总署的职权，那是前线大将们的事情，朱载坖对于李如松进行了申斥，认为参谋军务总署没有履行好自己的职能，在筹划的战役的时候，没有做到料敌从宽，同时对于战术干预的过多了。
主要要求李如松重新拟定战役计划，以朱载坖和军机处作出的消灭叶尔羌汗国这一战略决心为出发点，筹划战役的组织实施，预先或在机动中展开兵力，形成战役部署，对战役编成内的兵力、兵器所做的任务区分、编组和配置，根据敌情、地形、任务和战役类型、样式等，建立梯队式部署或集团式部署攻击集团、打（阻）援集团和战役预备队进行部署。
这些才是参谋军务总署要做的事情，将战役编成的各部官军和他们的任务予以明确，各部官军则是从参谋军务总署领受自己的任务，在各提督、总兵的指挥下遂行自己的战术行动，以达到参谋军务总署所规定的战役任务。
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