在西域的战事再次拉开之际，大明朝廷，尤其是军机处也在积极的谋划着西域的战事，上次朱载坖对于参谋军务总署包括军机处的各总署都进行了批评，认为他们没有履行好朝廷所赋予的职责，在朱载坖的严厉督促之下，俞咨皋和李如松督促军机处和参谋军务总署重新进行战略、战役的筹划，向朱载坖对于西域战局的谋划。
对于军机处新拿出来的战略战役筹划，朱载坖认为勉强有那么个意思了，首先就是规定了官军的控制范围，北到阿尔泰山、额尔齐斯河，西到巴尔喀什湖，控制这个范围的领土，是官军主要的作战目的，同时就是官军各个战役集团的编设。
参谋军务总署重新规划之后向朱载坖上疏，鉴于西域地域广大，同时地形复杂多变，所以将西域分为南北两路，以山为界，北路有襄国公、征西大将军李成梁统帅，主要负责的是对于卫拉特四部的打击经略，南路以镇西大将军戚金为统帅，主要负责攻灭叶尔羌汗国，同时在西域南部建立起大明的统治，而针对广大的西域，朝廷要组建四个战役兵团，作为官军在西域征战的主力。
首先就是北路战役兵团，由李成梁指挥，主要是官军的骑兵主力，其战略和战役目的是威慑卫拉特部，控制西域北路，同时从山以北对叶尔羌等西域南路的势力施加战略压力。
其次是西域中路战役兵团，是朝廷在西域部署的战略机动力量和战略预备队，主要部署在轮台、交河等地，由朝廷在轮台、交河等地的卫所和镇协官军所组成，直接受西域总督指挥，负责守卫从内地到西域的道路，还有沟通山南北的道路等。
而在西域南路，朝廷要配置两个战役兵团，由戚金和董一元指挥，南路的两个兵团，第一个是由董一元所指挥的南路偏师，该兵团的主要任务就是控制西域南路的库车、和田、巴音郭楞等地，同时为朝廷日后经略乌斯藏做准备，第二个就是由戚金所指挥的西域南路主力兵团，主要是为了彻底消灭叶尔羌汗国，同时控制巴尔喀什湖以东、以南的领土，重点控制喀什、阿克苏以及更远的阿拉木图等地，是大明部署在西域边疆的一支战役级别的兵团。
四个兵团各司其职，各有任务，同时也互相配合，按照参谋军务总署所制定的方案，现在主要是打好交河之战，应当命令南路两个兵团加快脚程，驰援交河，同时北路兵团要给叶尔羌施加压力，逼迫其回援，而南路两个兵团则是大明向西域所挥出的两个拳头。
按照李如松的计划，从哈密出发之后，两个兵团先西进驰援交河，而后董一元兵团直接南下，经托克逊、博湖取道库尔勒直取和田，而戚金兵团则是经山一路向西，直取喀什打通西域南北路的交通要道，消灭叶尔羌汗国，控制整个西域南路。
对于参谋军务总署的这个筹划，朱载坖还是比较认可的，起码有了一点战役指挥的样子了，对于具体的战术指挥，则是有各兵团统帅临机决定，同时西域总督也要协调各兵团之间的相互配合，保障各兵团的后勤给养。
除了参谋军务总署之外，军需后勤总署也向朝廷提交了完备的后勤方案，涵盖了整个西域的道路营建，兵站配置，给养运输和牲畜的调拨等事项，军需后勤总署认为，为了维持朝廷大军在西域的征战，今年必须保证向西域转运粮秣三百万石，还有相应的豆料、马草、军器、弹药等物资，要动员陕甘和西域三十九个卫所和近十万的民夫，帮助朝廷转运物资。
军需后勤总署认为，随着西域屯垦的增加和战事的平息，预计每年减少粮秣转运四十到五十万石，等到伊犁河谷等地的军屯有了收获之后，朝廷的转运压力就会多了，同时可以送西域调拨粮食接济陕甘等地。
朱载坖这次批准了参谋军务总署和军需后勤总署的相关计划，要求他们督促西域各兵团和兵站都司等部队执行朝廷的计划，同时就参谋军务总署等的计划有不同意之处，可以直接以密疏的形式向朱载坖反映，朱载坖下诏命令西域各兵团要忠实执行参谋军务总署的筹划，各部和衷共济，务求必克。
这次参谋军务总署的计划，取消了所有的战术筹划，将战术谋划的权力完全下放给了各兵团的参谋司，由各兵团统帅负责具体的战术执行，参谋军务总署只在战役层面上规定了各兵团的任务和各兵团协同作战的相关事项，这点朱载坖还是很满意的，参谋军务总署必须首先明确自己的作用，才能够领导各兵团、各镇的参谋司运作，将战术指挥和战役指挥分开，也是加强朝廷对于官军控制的重要手段。
各兵团之间有相互的防区，同时即便是统帅，其决策也要受到参谋司的制约，参谋司可以直接向参谋军务总署汇报相关情况，并且向统帅提出建议，一旦发现有异动情形，参谋司可以立即向参谋军务总署奏报，同时知会驻各兵团的锦衣亲军和宪兵都司校尉，同时各兵团的统帅仍旧是军事主官，独立行使指挥权，参谋司也要在其领导之下运作。
在朝廷的命令下达后，西域的战事也愈演愈烈了，大明和卫拉特四部的谈判进展仍旧不大，这使得朱载坖失去了耐心，明确指令襄国公李成梁加大对于卫拉特部打击力度，同时从伊犁河谷威胁阿克苏，增加朝廷对于叶尔羌的压力，而在交河，率先和叶尔羌主力接战的是交河前卫的官军。
在官军从夏尔沟堡撤守之后，就一直在加强阿拉沟口的防御，以应对叶尔羌饶进攻，叶尔羌人穿越百里的阿拉沟用了两时间，主要是官军埋设的地雷和铁蒺藜等迟滞了叶尔羌军队的脚步。
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