第一阶段完成，第二阶段随之展开。
李居胥对活下来的人马做流整，二级、三级、四级和五级猎人，坚守城墙，以战斗为主，一级、见习猎人和普通人主要充当后勤，辅助战斗。
清理尸体、杀毒、灭菌、恢复交通等等。
在这些之前，还做了一个动作，清除下水道、排污管道内的啮齿鼠，这方面李居胥有经验，通水之后通电，三秒钟的时间，不知道杀死了多少啮齿鼠，因为是在下水道内，数量无法统计，效果却是看得见的，之后基地内，再也没有大量出现工兵鼠了。都是一些藏在隐秘角落的工兵鼠，冷不丁冒出来，数量很少。
这次清理是地毯式的，彻彻底底，不留死角，因此，也清理出来了之前不曾发现的惊喜，比如，幸存者。
“你们藏得可真够深的，我们在外面放炮你们没有听见吗？”地下室被打开，张甫看着卷缩在潮湿地上的数十人，一个个饿得跟干尸似的，脸上没有肉，显得眼睛格外的大。
这些人为了尽可能减少体力消耗，每都是躺着，能不动就不动，很多人太长时间没有话，声音都是干巴巴的。
“你们吃什么活下来的？”张甫好奇
然后就看见了隔间内的几袋面粉和挂面，因为没有做饭的工具，同时也担心惊动啮齿鼠，这些人和着水生吃。
也多亏霖下室通了自来水。
不找不知道，陆陆续续救出来了一千多人，不过，一个个状态都不好，很多人是被抬出来的，别走路，坐都坐不稳。
他们也就运气好没有被啮齿鼠找到，否则都会被咬死。
车队第三趟拉着物资离开，城南的清理工作已经完成，转移到了城西。感受最明显的变化就是空气清醒了，浓郁的令人作呕的腐臭味基本上闻不到了。
“老祖宗在上，我终于挺过来了，重活一世，老待我不薄！”曾玄真长长一口气呼出，长达三分钟，再吸了一口新鲜的空气，通体舒泰。
他走出城外的时候，不少人如见鬼魅。
“曾屠夫，我没看错吧，不是他死了吗？尸体都腐烂了，这是人是鬼？”
“我去，竟然还活着！命可真大。”
“不科学啊，我记得他是最早感染瘟疫的人之一，不是第一时间就送去火化了吗？难道传言都是骗饶？”
……
正所谓大难不死必有后福，曾玄真展现出来的战斗力令石破甲大为震惊，另外一个方向的狮王袁穹奇停下了脚步，盯着他看了好一会儿。
曾玄真的兵器是青龙偃月刀，就是关二爷的武器，招式大开大阔，气势万钧。他的出招速度极快，当你看见刀光的时候，实际上已经是残影了，他的刀势已经完成。
工兵鼠往往还在冲刺加速阶段，都还没有达到最高速，已经被一刀两断了。从远处看，曾玄真卷起一条血雾，宛如血色长龙。
一辆履带式战车从曾玄真的边上经过，碾压出一条血痕，有心的猎人对比了一下，战车的速度快于曾玄真，但是消灭的工兵鼠数量不及曾玄真的十分之一，工兵鼠是会跑的。看见战车压过来，大部分工兵鼠会跑开，只有少部分工兵鼠头铁试图硬扛履带。曾玄真不然，青龙偃月刀笼罩的范围足有3.5米，杀伤力极强。
曾玄真的出手，极大地鼓舞了3号基地的猎人，一个个打了鸡血似的，竟然有反攻工兵鼠的迹象。
“能问你一个问题吗？”石破甲忍了很久，还是没忍住。
“什么？”陶六指的声音干巴巴的，熟悉的人一定认为他不情不愿，实际上，他话一直如此。
“9号基地对付工兵鼠都是这么……轻松的吗？”石破甲问出这个问题的时候，表情很复杂。
“很难吗？”陶六指一句反问让石破甲后面的话都不出来了。
他也搞不懂是为什么，工兵鼠还是原来的工兵鼠，他们也还是原来的他们，可是，李居胥没有来之前，工兵鼠在大家眼中就是洪荒猛兽，厮杀的过程中，工兵鼠占据绝对的上风，3号基地死伤惨重，李居胥来了之后，他们却能把工兵鼠杀得节节败退，工兵鼠一下子变得不可怕了，充其量就是大一点的耗子，数量多一点，仅此而已。
问题出在哪里呢？
不仅他想不通，所有3号基地的猎人都想不通，不过，大部分猎人是没有时间考虑这些的，他们见到有机会消灭工兵鼠拼了命的攻击，希望早点把工兵鼠消灭，没有时间想其他的问题。
李居胥除了开头两出手后，后面就比较少出手了，他在考虑拿下东城区的问题。第一大粮仓在东城区，医院在东城区，行政区在东城区，经济的核心区在东城区……3号基地最重要的地方是东城区，他纵然拿下了四分之三的面积，东城区没到手，就不算控制了3号基地。
瘟疫在3号基地爆发的时候，有机会离开的猎人都离开了，没有离开的，原因就复杂了，其中就有一部分行政人员留下来了，为首的是副站长贾勋钢和原第一军团副团长涡轮机，这个涡轮机的来头很大，张寇阙就是他提拔起来的。他们控制了医院，与工兵鼠周旋斗争，时不时力所能及为其他受困者送去粮食和弹药，但是基地内抵抗工兵鼠最大的一股力量。
李居胥带着人回来救援3号基地，贾勋钢和涡轮机是很开心的，他们派出了医疗团队协助李居胥等人。但是没有开心多久，就发现不对劲，李居胥这可不是救援那么简单，他是要鸠占鹊巢啊，贾勋钢和涡轮机就不乐意了，合作随之结束。
之后的发展验证了贾勋钢和涡轮机的猜测，李居胥快速蚕食基地的地盘，可是，他们却毫无办法，他们走出东城区都困难，更不用阻拦李居胥的动作。
李居胥对南城区、北城区和西城区的城墙都做了防御，护城河和铁丝网，唯独东城区的城墙没有任何防御，于是，工兵鼠都跑到东城区去了。
东城区压力大增，却不知道发生了什么事，每一都是在煎熬，每都在考虑要不要向李居胥低头求援，
终于，深夜医院扛不住了，涡轮机拿着大喇叭喊话，要见李居胥。
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