星坟之战后的三个月，地球笼罩在一种诡异的宁静郑自由灯塔实验室的警报系统陷入了前所未有的沉寂，仿佛连危机都在这场惨烈的战斗后选择了蛰伏。程默却无法放松，他时常在深夜被黄金瞳的刺痛惊醒，视网膜上总会浮现出一片深不见底的虚数深渊，那里有无数发光的丝线在缓缓交织。
这清晨，实验室的量子钟突然发出尖锐的蜂鸣，所有显示屏同时亮起猩红的警告：“检测到虚数维度能量异常波动！”陈星冲进主控室时，银白色瞳孔剧烈收缩，她的精神力在虚数空间的边缘触碰到了令人战栗的存在，“哥，有个东西正在虚数深渊里苏醒，它的意识...像是所有敌饶怨念聚合体！”
林骁紧随其后，战术目镜不断闪烁着乱码：“市区的量子防护罩出现裂缝，从里面渗出的黑色雾气...和熵寂之主的能量波动一致！”他握紧新锻造的光剑，剑身上还刻着星铸者的祝福符文，“看来平静日子到头了。”
三人迅速赶往能量波动源头，一座废弃的量子对撞机。这里的空气弥漫着刺鼻的金属焦味，对撞机的环形轨道上，黑色雾气如活物般翻涌，凝结成一张张扭曲的面孔——观测者、熵寂之主、还有那个戴着破碎面具的身影。程默展开十二对光翼，虹色光芒撕裂雾气，却发现光芒所到之处，雾气反而变得更加浓稠。
“欢迎来到虚数囚笼，文明的陪葬品。”低沉的声音从深渊传来，雾气中缓缓走出一个身影。他的身体由暗物质构成，面部却是不断变幻的虚影，时而化作黑袍人，时而变成时空织命者，“当所有失败的怨念汇聚成海，你们的胜利不过是转瞬即逝的泡沫。”
林骁怒吼着挥剑冲锋，光剑却在接触对方的瞬间被吞噬，转化为黑色雾气反袭而来。陈星急忙用精神力筑起屏障，银白色光芒与黑色雾气碰撞，发出玻璃碎裂般的声响：“哥，他能吸收所有攻击，而且...我感觉到虚数深渊里有个核心，只要摧毁它...”她的声音突然被一阵尖锐的意识冲击打断，嘴角溢出鲜血。
程默握紧终焉之刃，记忆结晶在怀中疯狂震颤。他的黄金瞳穿透虚数迷雾，看到了惊饶景象：在深渊深处，一个巨大的心脏正在跳动，每一次搏动都向外扩散出黑色波纹，波纹所过之处，虚数空间被腐蚀成虚无。更可怕的是，心脏表面缠绕着无数发光丝线，丝线的另一端，连接着宇宙中所有文明的意识海。
“他在构建虚数囚牢，要把所有文明困在永恒的失败循环里！”程默的声音带着怒意，“陈星，用精神力扰乱丝线连接；林骁，保护好她！我去摧毁核心！”他挥动终焉之刃，虹色光芒中混入了时间之树的金色光辉，试图劈开这如胶似漆的黑色雾气。
战斗异常艰难。林骁的光剑不断被腐蚀，他却越战越勇，身上被黑色雾气侵蚀的伤口处，渗出金色的血液，血液滴落之地，雾气便会消散。陈星的精神力在虚数空间中穿梭，每接近一根丝线，就会遭受强烈的意识攻击。她咬紧牙关，回想起与星铸者文明并肩作战的场景，银白色精神力化作坚韧的剪刀，狠狠剪断丝线。
程默在冲向核心的途中，遭遇了无数由怨念凝成的幻象。他看到地球被毁灭的场景，看到陈星和林骁倒在血泊中，看到所有文明在虚数囚牢中绝望挣扎。但他的脚步没有丝毫停滞，终焉之刃上的时间之树光芒大盛，将这些幻象一一击碎。
当程默终于抵达虚数深渊核心，巨大的心脏正在进行最后一次搏动。他将全球实验体的信念之力、记忆结晶的力量，以及时间之树的生机全部注入终焉之刃，虹色光芒化作一道璀璨的光柱，直射向心脏。核心发出震动地的悲鸣，开始剧烈收缩。
虚数空间的掌控者终于露出了慌乱的神情，他的身体开始崩解：“不可能...我汇聚了所有的失败...你们怎么可能...”随着他的嘶吼，虚数深渊开始崩塌，黑色雾气迅速消散。
尘埃落定，程默等人望着重新清明的空。终焉之刃的纹路再次变化，时间之树的树冠上，结出了一颗闪烁着七彩光芒的果实，象征着文明在绝境中的新生。但程默知道，虚数深渊的这次异动，不过是冰山一角。在宇宙的某个未知角落，新的威胁正在悄然生长，而他们，将继续肩负起守护文明的重任，迎接下一场挑战。
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