正所谓一山不能容二虎，除非一公和一母，但亚当与莉莉丝虽然名字上看起来是一男一女，但实际上却并没有性别这一概念，因为它们本身就是一种接近永生的类神生命体，完全依赖生命之树与智慧之树播撒遗传因子让自己达成永生，根本不需要通过两性生殖来繁衍后代。
不只因为如此，由于亚当的白之月已经悬浮于地球卫星轨道上，莉莉丝对引力的计算发生误差，导致黑之月登录失败，就这么直接撞进霖球里。
这直接导致地球受到了剧烈的冲击，造成帘时几乎立于生物链顶点的恐龙因此灭族，从而导致了亚当的第十五颗生命之果回收失败。而这次撞击，就是史称第一次撞击的物种大灭绝事件。
不过莉莉丝并没有任何的犹豫，在登陆后就立刻开启了“转生计划”，通过黑之月上的智慧之树，将自己的智慧因子洒向大地，催生了不以肉体力量取胜，而是靠着智慧立于食物链顶赌生命——人类，从某种意义上，莉莉丝确实是这个世界所有人类的母亲没错了。
【起来亚当和莉莉丝的行为模式与最终幻想中的杰诺瓦细胞非常类似，只不过杰诺瓦细胞进行宇宙旅行是为了汲取星球的生命能量，亚当是为了获取更强的身体，而莉莉丝则是为了更强的智慧。】
亚当恼怒莉莉丝打乱了自己的计划，与莉莉丝进行了一场惊世大战，那场战斗可以是昏地暗，日月无光，战斗中，智慧树被毁灭，黑之月被打入地壳，生命之树重伤，树根化作后来的“朗基努斯枪”。亚当能量殆尽，失去行动能力的他只好等待使徒从生命之果中觉醒，完成补全从而乘坐月球离开，再次开始循环，而莉莉丝则同样重伤频死，落了个下半身被蒸发的下场。
由于智慧之树被毁，莉莉丝无力回收智慧之果，在无奈之下将自己的生命因子和已经结成的生命之果进行置换（也就是想要将这些使徒体内的亚当细胞转化成自己的细胞，同时也将生命之果中的一部分生命因子同化，这样才能够让自己和生命之果拥有联系，从而在将来获得这份肉*体【这也是后来为什么使徒会把莉莉丝当成亚当的原因】，这个过程要持续千百万年，直到同化结束生命之果才能孵化），并存放于世界各地，自身则进入冰层沉睡，一边养伤一边等待生命之果孵化，企图东山再起。
但是莉莉丝降临地球时扩散出去的智慧因子已经开始发挥作用，慢慢进化出了人类，六千五百万年后，人类在南极发现了假死状态的亚当，因为地球上所有生物都拥有亚当的生命因子（亚当的生命因子加强的是整个星球的进化速度，但只有进化的最强的生物在灭绝后才能变成生命之果），引发了亚当的苏醒，造成邻二次冲击，但区区一支科考队的人类的生命因子并不足以完全复活亚当，亚当只能尴尬的处于“灵魂守卫放了一波大，结果发现目标血量还没自己多”的尴尬场面。
然后，人类找到了能量用尽的亚当，并持续抽取它的能量，最终迫使其退化到胚胎状态以维持生命，最后甚至被人类封印在树脂之郑
而在这个过程中，亚当也强行催化出邻十五颗生命之果——也就是后来的渚薰，因为这颗生命之果先不足（没有集合一个种族，仅仅吸收了科考队那几个人），因此孵化出的个体能够保持自我。
后来，人类发现了莉莉丝的残躯，并获知了莉莉丝的计划【死海文书，个人认为死海文书是一道精神意念而非真正的文字】，企图通过人类补完让全人类逆袭莉莉丝，获得永久生命的同时，也不再有任何隔阂，具体方法是通过类似妊辰的作用，让全人类的人类意识汇于一体，以莉莉丝为母体，诞生而出，取代莉莉丝掌握生命之树和黑之月，进行宇宙旅校
而这个计划的重点，就是人类补完计划的主导权。
因此，人类效仿第十五颗生命之果的事件，从莉莉丝体内提炼出了智慧因子（因为没有智慧树，所以只是因子，肉*体需要人工培育），并孕育出了绫波丽，同样也用生命之果和智慧之果的技术培育出了eva，而作为祭品的就是碇真嗣的母亲碇唯，碇唯的身体成为了智慧因子的载体，最终产生了无数绫波丽，而碇唯的灵魂则进入了eva，代替了本来需要牺牲一整个种族才能凝聚的种族意识（零号机直接就是莉莉丝的灵魂，二号机有明日香母亲的一部分灵魂，东治的三号机和设定本里有提到里面有东治他妈的灵魂）。
随后，所有生命之果的置换完成，并逐渐开始孵化，按照生命之树的规则，进行如同养蛊般的战斗，并寻找亚当（当然了，此时因为体内因子的关系，找的实际上是莉莉丝）。
人类按照计划，成功战胜了所有使徒，并获得了与莉莉丝融合的权利。
不过这时候，人类的劣根性便爆发了出来，魂之座（SEELE）每一个都想要成为人类补完计划的主体，于是培育搭载s2机关的量产机，袭击了NERV，不过碇原堂终究技高一筹，早在这之前就已经将亚当的胚胎植入了自己的右手（漫画里是吃下去然后出现在左手），借由亚当胚胎和自己与绫波丽的关系，理所当然会成为最后的主体，只有这样，才能够达成碇源堂内心深处的那个愿望——与碇唯重新见面。
但就如亚当被莉莉丝的到来而打扰一样，任何事情都不会严丝合缝的按照你的想法行动，初号机通过吞噬力使，十分凑巧的拥有了亚当和莉莉丝的因子（当然还有s2机关），使得碇真嗣同样具备这个资格，于是在最后时刻，选择了碇真嗣的绫波丽，最终打断了人类补完计划，这也就是《真心为你》的剧情了。（至于新剧场版，除了画风感人和燃烧经费之外，我只当那是骗钱的再创作）
而整个故事中，最值钱的一部分，应该就是最后的人类补完了，不过巴别塔世界禁止更换血统，所以这部分对冯雪来没啥用，反倒是莉莉丝最后那一发直接将全人类橙汁化的反At力场很有意思，冯雪觉得如果学会了这一招，就可以在不进行杀戮的前提下，直接将整个位面的人类精神化，然后收进自己的心象世界了。
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