因为证据确凿，涉案的官员与勋贵没有一个是干净的，只不过之前没有人去深究他们而已，倒霉的是，他们碰到了嫉恶如仇的朱由校。案件审理很快，半个月不到，所有案犯全部伏法，其中就包括了南京的一帮勋贵。
在此期间，朱由校与内阁几位阁臣商谈之后，他从善如流，将韩爌提到的几名干吏都做了相应的提拔。徐光启并没有被抬入内阁，而是担任了北直隶、登莱总督，全称为“总督北直隶、登莱等处军务，组建登莱水师，兼理米饷，节制北直隶、登州、莱州三抚”。又让其兼任了兵部右侍郎、都察院右都副御史。全面负责两道的民政、军事工作，可谓是独揽两道大权。其弟子举人孙元化就任登州巡抚，具体负责组建水师、铸炮，并负责辽东、东江两镇之物资运输工作。
吏部尚书周嘉谟，卸任尚书衔，抬入内阁，工部右侍郎、都察院右佥都御史王在晋升为吏部尚书。刘一燝卸任兼任的吏部尚书衔，专任内阁阁臣。孙承宗同理，他也卸任掉了刚履新不久的兵部尚书，而这位置留给了已经赋闲在家许久的原吏部尚书王象乾。户部左侍郎袁可立则兼任了都察院左都副御史，并下令其彻查历年来各道所欠之税款并清缴。
太仆寺寺卿毕自严兼任了京师京营总办，令他兼任的原因则是，朱由校抽空接见了此人，发现此人将国家马政处理的井井有条之外，对于金融也有自己的一番见解。这让苦于无人可用的朱由校大喜过望，不过他也知道，金融改革涉及到很多方面，一着不慎容易造成举国震荡，这无疑是便宜了女真人。所以他下令让其兼任京师京营总办，替他打理京营的军饷、粮草、武器装备、训练以及兵员等方方面面的工作。让其有整体协办的工作经验，未来也好再重用此人。
太常寺寺卿毕自良是毕自严的亲哥哥，太常寺主要负责祭祀等文礼工作，同样，此人工作能力极强，是个不可多得的干吏。朱由校接见此人之后，心中已然有所想法，勉励几句之后就放其回家了。
随后一道经过司礼监、内阁、通政司三处审核无误的圣旨就向下公布了。内容很简单，主要讲内阁作为国家处理政务的最高机构，内阁首辅为正一品，次辅为从一品，其他阁臣为正二品。级别略高于六部尚书，且启元年始由叶向高、孙承宗两人同时组阁，任期为五年，最多连任两届。目前已经定下的阁臣人员还有刘一燝和周嘉谟。也就是不到月余时间就要到来的启元年，将还会诞生两名阁臣。
原内阁首辅方从哲以年老体弱为名义，提交了辞呈，朱由校直接御笔一挥，封其为太师，准其离休，荣归故里。特此圣旨中又规定了，内阁阁臣离休时相应的都会被封为三公、三孤等级别荣誉，但是不再享有田税方面的优惠政策。
也就是自方从哲开始，未来享受离休待遇的官员，都不再享受原有的税收方面的待遇。这道圣旨一下，满朝皆惊，但是经过了朱由校登基以来三大案之后的大明文官集团低调了很多，不再动不动就拿死柬来道德绑架皇帝，这也为后面朱由校开始的系列改革打下了良好的基础。但是想要和朱由校讲道理的奏章都被司礼监留中了，
圣旨中最引人注目的是，朱由校成立了一个名叫军机处的秘书机构，看上去是取代了原先内阁的职能，军机处的官员级别并不高，甚至部分人还是无官之人。如果是后世来人，肯定会非常惊讶其中一些人竟然都是后世闻名遐迩的大咖。
太常寺寺卿毕自良、新任登州知府孙元化、户部金部司郎中茅元仪、刑部郎中洪承畴、江西道奉新县知县宋应星、河南道洛阳知县陈奇瑜、河南道商丘知县孙传庭、进士李之藻、举人刘理顺。令人意外的是名单中出现了一位非明朝人，那就是意大利耶稣会传教士艾儒略。
论级别毕自良最高，除他之外就是进士李之藻，两人皆为‘60后’，茅元仪、孙传庭、洪承畴、陈奇渝更是‘90后’可以是军机处岁数最，可塑性最强的四人，其余四人皆为妥妥的‘80后’属于年富力强，在后世都享有一定美誉的干吏。
第一届军机处可谓是将老中青三代人一网打尽。其中非官员的两人中，李之藻名气很大，他可是亲自参与了《坤舆万国全图》的翻译工作，精通西人语言，可以是明朝不多见的翻译家的鼻祖。此人是徐光启的好友，也是其强烈推荐的人才之一，经过一番交谈与接触，被朱由校网罗至了军机处，成为邻一个非官员出身的军机大臣。
另一人举人刘理顺，是这次被带来京师作为政委种子选手的东林书院学生，在这次南城调研时，在三百举人中脱颖而出，此人提交的报告上，很多内容虽然是略显稚嫩，但想法非常契合朱由校的理念。所以朱由校提拔其进入了军机处，想以此来锻炼此人。
最令人意外的就是西人艾儒略的入选，此举令满朝掀起了轩然大波，包括内阁四位阁臣在内的朝中所有大臣都纷纷上书请皇帝慎重考虑，要知道，商周以来还没有一个西人在汉饶政权中担任过如此重要的官职。
不过即使这么多饶反对也没打消朱由校的决心，这人虽是西方传教士，但其精通文理两科，文能替朱由校翻译西方着作，武能指导工匠制造攻城利器。更难能可贵的是，此人带着西直门安民厂的几名泥瓦匠臣，攻克难关，让水泥提早二百年出现在华夏大地上。且还是通过华人自己的双手制造出了初版水泥，这怎么能不让朱由校大喜过望呢？
加上古来今往千金买马骨的案例，这人可是朱由校的金字招牌，是吸引更多西人不远万里来中华大地一展心中抱负的最佳广告，如果不是实在没什么好官位适合，他都感觉军机处过了。
这些人可都是他心中未来替他征服世界的良臣，当然也不是就这几人他就满足了，这只是千里之行始于足下的第一步，未来将会有更多人才会被收罗至他的周围，为他所用，为国所用。
这封圣旨被后世人称之为启新政的开始。
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